Với quyết tâm làm tốt bảo vệ môi trường, tổng chi phí cho công tác này trong năm 2011 của Công ty đạt trên 9,417 tỷ đồng. Tính đến thời điểm này, Công ty đã lập, trình duyệt và được các cấp có thẩm quyền phê duyệt tổng số 8 báo cáo đánh giá tác động môi trường đang còn hiệu lực. Đồng thời Công ty hợp đồng cùng Viện Khoa học công nghệ mỏ - Vinacomin thực hiện quan trắc môi trường theo quy định, các thông số vượt chỉ tiêu đều được Công ty theo dõi chặt để có biện pháp khắc phục. Trong xử lý chất thải nguy hại Công ty đã thuê các doanh nghiệp có chức năng chuyên ngành như: Công ty TNHH Tân Thuận Phong (Hải Phòng) và Công ty Thương mại và Dịch vụ môi trường Ngôi Sao Xanh (Bắc Ninh) vận chuyển và xử lý đúng quy định. Những năm gần đây Trung tâm quan trắc và Phân tích môi trường thuộc Sở Tài nguyên và Môi trường đã tiến hành lập đề án xả thải vào nguồn nước tự nhiên nhằm khắc phục vấn đề ô nhiễm môi trường đến nguồn nước một cách tích cực hơn.
 
Bên cạnh đó, các giải pháp giảm thiểu ô nhiễm môi trường và bảo vệ nguồn nước mặt, nước ngầm có những chuyển biến tích cực. Công  ty cũng đã có những biện pháp tổng hợp để bảo vệ môi trường như chăm sóc tốt 60ha rừng tự nhiên để bảo vệ nguồn sinh thuỷ; tổ chức trồng và chăm sóc tốt 120ha cây trồng trong ranh giới công ty quản lý; tăng cường trồng cây xanh tại các khu vực nhà xưởng sản xuất trên khai trường và ven các đường vận chuyển… chỉ tính riêng năm 2011, Công ty đã trồng 1.900 cây xanh… Từ những nỗ lực khá toàn diện, nhiều năm nay, Công ty CP than Vàng Danh được đánh giá là một trong những doanh nghiệp tiêu biểu làm tốt công tác bảo vệ môi trường của Vinacomin